ながはま0次予防コホート事業は、京都大学医学研究科と滋賀県長浜市の協定に基づき、約1万人の長浜市民の協力を得て行う共同事業です。2007年度から2010年度にかけて実施した健康診断により得られた生活習慣・環境質問票、血液・尿検査、関連検査などをベースラインとし、疾病罹患・死亡の追跡調査を行うとともに、その後5年おきの健康診断や不定期調査において、睡眠や脳画像、記憶力、運動機能、肌状態、社会経済状態など特色ある検査や調査を実施しています。さらには、これまで、約9,000人のゲノム解析(うち約2,000人が全ゲノム配列解析)、3時点の網羅的代謝物解析、2,000人の網羅的たんぱく解析を中心としたマルチオミックス解析を完了しており(2021年8月時点)、これら豊富で多様なデータをもとに、健康危険因子の探索やその相互作用の解明を目指しています。